דירות המעבר לנשים
דירות המעבר נפתחו במהלך שנת 2012, כמסגרת המשך לטיפול שניתן לנשים במקלט "מעגן". מטרתן הייתה לתת מענה לצורך להכין את הנשים לחיים עצמאיים בקהילה עם עזיבתן את המסגרת, בין אם האישה תשוב למדינת המקור ובין אם היא תקבל היתר שהייה בישראל. כמו כן, לנוכח התפוסה המלאה במקלט "מעגן" בשנים עברו, דירות המעבר גם ויסתו את לחץ ההפניות ואפשרו קליטה של נשים חדשות ב"מעגן", בעוד נשים שנמצאו במהלך שנת השיקום והיו מסוגלות לכך, הועברו לדירות. בדירות המעבר הנשים המשיכו לקבל טיפול פרטני וטיפול קבוצתי, אך עיקר הדגש הושם על ניהול משק בית ותקציב אישי באופן עצמאי, תוך התנסות בחיים מחוץ למסגרת הפנימייתית של המקלט והתמודדות עמם.

בשנת 2018, לנוכח הפניה של משפחות מרובות ילדים למסגרות לטיפול בקורבנות סחר, חלה תפנית של ממש באופי הדירות, והן הפסיקו לשמש כדירות מעבר לנשים והוסבו ליחידות משפחתיות, המעניקות שנת שיקום מלאה, בדומה למקלט "מעגן" (כמפורט לעיל). יתר על כן, הטיפול בדירות מאופיין בתשומת הלב המיוחדת הניתנת ליחידה המשפחתית על מכלול היבטיה, מעבר לטיפול הפרטני המוענק לאימהות ולילדים. בעקבות השינוי, התרחב צוות הדירות והוא מונה רכזת, עובדת סוציאלית, מזכירה, אם בית, סומכת לילדים, מדריכה, מתורגמנית לטיגרינית ועובדת סוציאלית לטיפול בילדים.

דירת המעבר לגברים
ב-17 בדצמבר 2014 נפתחה לראשונה דירת מעבר לגברים, אשר נתנה מענה לצורך במקומות נוספים עבור קורבנות חדשים שאותרו והמתינו בקהילה למקום ב"אטלס", אשר היה בתפוסה מלאה לאורך השנה. בדומה לדירות המעבר לנשים, דירת ההמשך מיועדת לפיתוח מיומנויות ועידוד עצמאות בקרב גברים אשר שהו במקלט שישה חודשים ומעלה, כשלב ביניים לפני המעבר לעצמאות מלאה בקהילה.
צוות דירת ההמשך לגברים כולל עובדת סוציאלית, מדריך דובר טיגרינית ואמהרית ואם בית. נוסף על כך, ולהבדיל מדירות המעבר לנשים, הוכנס לדירה כחלק מצוות הדירה גבר ממוצא אריתריאי שהיה קורבן בעבר, בוגר המקלט, המשמש כחונך ואח בוגר עבור הגברים בדירה. הוא מתגורר בדירה ומסייע לגישור ותיווך בין הדיירים בדירה, על צרכיהם השונים, ובין הצוות בשעות שהצוות אינו נוכח. כמו כן הוא מפקח על ההתנהלות בדירה ומדווח על אירועים חריגים לצוות הדירה. המדובר במודל משופר, שנבנה על בסיס הפקת לקחי עבר מאירועים שונים שאירעו בדירות המעבר לנשים.